Hugo de Boer

Bilde av Hugo de Boer
English version of this page
Telefon +47-22851875
Mobiltelefon 98126030 98 12 60 30
Rom 112b
Brukernavn
Besøksadresse Lids hus (Botanisk museum)
Postadresse Postboks 1172, Blindern 0318 OSLO

Forskning

Plantebestemmelse ved hjelp av molekylær barcoding (DNA-strekkoding) har et stort potensiale for bevaring av biodiversitet og overvåkning av handel i plantegenetiske ressurser for farmasøytisk industri, hagebruk og tropisk trehandel. Metoden har blitt omfavnet i vitenskapen, spesielt for artsbestemmelse av dyr og sopp. I de senere årene har forskere lyktes i å vise kraften og nøyaktigheten til DNA-barcoding ved å lage molekylære identifikasjonssystemer til ulike formål, for eksempel identifisering av kryptiske arter, avsløring av artsforfalskning i sjømat, sporing av ulovlig elfenbenhandel og utredning av tropisk skogsmangfold.


Plante-barcoding har ligget etter i fravær av en enkel egnet identifikasjonsmarkør, og på grunn av kvalitetsavveininger rundt de andre foreslåtte markørene. Videre krever nøyaktig artsbestemmelse en klar definisjon av intraspesifikk variasjon (genetisk variasjon innen arten) versus interspesifikk variasjon (genetisk variasjon mellom arter), noe som også er kjent som barcoding-kløfta. Tilstedeværelsen eller fraværet av en barcoding-kløft har vært omstridt, men til syvende og sist må en praktisk tilnærming vedtas for å muliggjøre utstrakt bruk av plante-barcoding. Tidligere forskning har fokusert på bruk av to eller flere molekylære markører for DNA-barcoding, men bruk av dypsekvensering tillater en genomisk tilnærming ved å bruke hele kloroplastgenomer. I tillegg muliggjør metoder for å sile ut genomiske regioner av interesse («target-enrichment») amplifisering av genetiske data fra nedbrutt materiale, som for eksempel herbariumsamlinger, bearbeidete produkter og rettsmedisinske spor. Dette reduserer også behovet for å stole på korte molekylære markører.

Forskningen i min gruppe fokuserer på: 

  • Molekylær identifikasjon av bearbeidete planteprodukter, spesielt medisinplanter som ofte er utsatt for forfalskning, overhøsting og utrydning samt overvåkning av grenseoverskridende handel av CITES-listede arter (Convention on International Trade of Endangered Species). 
  • Å kombinere data fra kloroplastgenomer og de novo sekvenserte kloroplastgenomer for å kunne gjøre en mer nøyaktig analyse av intra- og interspesifikk genetisk variasjon, med automatisk artsbestemmelse som det ultimate målet. 
  • Utvikling av spesifikke metoder for å sile ut DNA-regioner av interesse («Target enrichment»-metoder) for effektiv generering av genetiske data fra nedbrutt materiale, slik som for eksempel herbariumsamlinger, og bearbeidete produkter.  

Disse teknologiske og metodiske framskrittene kan hjelpe oss å frigjøre det store potensialet i nøyaktig plantebestemmelse ved hjelp av molekylære verktøy. Metoden kan brukes til å støtte det offentliges oppgaver, slik som bevaring av biodiversitet, overvåkning av handel i plantegenetiske ressurser for farmasøytisk industri, hagebruk og tropisk treindustri, samt håndheving av Nagoya-protokollen til konvensjonen om biologisk mangfold.

Emneord: Ethnobotany, Biologi, Orchidaceae, Cucurbitaceae, Botanikk, ION-Torrent PGM, Medisinske planter, Molekylær identifikasjon, Botanikk systematikk, Plant DNA barcoding

Publikasjoner

  • Ahmed, Seid Mussa; Nordeng, Hedvig Marie Egeland; Sundby, Johanne; Aragaw, Yesuf Ahmed & de Boer, Hugo (2018). The use of medicinal plants by pregnant women in Africa: A systematic review. Journal of Ethnopharmacology.  ISSN 0378-8741.  224, s 297- 313 . doi: 10.1016/j.jep.2018.05.032
  • de Boer, Hugo; Newman, Mark; Poulsen, Axel Dalberg; Jane Droop, A.; Fer, Tomas; Hien, Le Thi Thu; Hlavata, Kristyna; Lamxay, Vichith; Richardson, James E.; Steffen, Karin & Leong-Skornickova, Jana (2018). Convergent morphology in alpinieae (Zingiberaceae): Recircumscribing amomum as a monophyletic genus. Taxon.  ISSN 0040-0262.  67(1), s 6- 36 . doi: 10.12705/671.2
  • Gopalakrishnan Saroja, Seethapathy; Kaliamoorthy, Ravikumar; Paulsen, Berit Smestad; de Boer, Hugo & Wangensteen, Helle (2018). Ethnobotany of dioecious species: Traditional knowledge on dioecious plants in India. Journal of Ethnopharmacology.  ISSN 0378-8741.  221, s 56- 64 . doi: 10.1016/j.jep.2018.04.011 Vis sammendrag
  • Gopalakrishnan Saroja, Seethapathy; Tadesse, Margey; Santhosh Kumar, JU; Gunaga, Srikanth V.; Vasudeva, Ramesh; Malterud, Karl Egil; Ramanan, Uma Shaanker; de Boer, Hugo; Gudasalamani, Ravikanth & Wangensteen, Helle (2018). Authentication of Garcinia fruits and food supplements using DNA barcoding and NMR spectroscopy. Scientific Reports.  ISSN 2045-2322.  8(10561) . doi: 10.1038/s41598-018-28635-z Vis sammendrag
  • Manzanilla, Vincent; de Boer, Hugo & Kool, Anneleen (2018). Phylogenomics and barcoding of Panax: toward the identification of ginseng species. BMC Evolutionary Biology.  ISSN 1471-2148.  18(1) . doi: 10.1186/s12862-018-1160-y Fulltekst i vitenarkiv. Vis sammendrag
  • Raclariu, Ancuta Cristina; Tebrencu, Carmen Elena; Ichim, Mihael Cristin; Ciuperca, Oana Teodora; Brysting, Anne Krag & de Boer, Hugo (2018). What's in the box? Authentication of Echinacea herbal products using DNA metabarcoding and HPTLC. Phytomedicine.  ISSN 0944-7113.  44, s 32- 38 . doi: 10.1016/j.phymed.2018.03.058
  • de Boer, Hugo; Ghorbani, Abdolbaset; Manzanilla, Vincent; Raclariu, Ancuta Cristina; Kreziou, Anna; Ounjai, Sarawut; Osathanunkul, Maslin & Gravendeel, Barbara (2017). DNA metabarcoding of orchid-derived products reveals widespread illegal orchid trade. Proceedings of the Royal Society of London. Biological Sciences.  ISSN 0962-8452.  284(1863) . doi: 10.1098/rspb.2017.1182 Fulltekst i vitenarkiv.
  • Dirks-Mulder, Anita; Butot, Roland; van Schaik, Peter; Wijnands, Jan Willem PM; van den Berg, Roel; Krol, Louie; Doebar, Sadhana; van Kooperen, Kelly; de Boer, Hugo; Kramer, Elena; Smets, Erik F; Vos, Rutger A.; Vrijdaghs, Alexander & Gravendeel, Barbara (2017). Exploring the evolutionary origin of floral organs of Erycina pusilla, an emerging orchid model system. BMC Evolutionary Biology.  ISSN 1471-2148. . doi: 10.1186/s12862-017-0938-7 Fulltekst i vitenarkiv.
  • Ghorbani, Abdolbaset; de Boer, Hugo; Maas, PJM & van Andel, TR (2017). The typification of two Linnaean plant names based on illustrations published by Leonhard Rauwolf in 1583. Taxon.  ISSN 0040-0262.  66(5), s 1204- 1207 . doi: 10.12705/665.13
  • Ghorbani, Abdolbaset; Gravendeel, Barbara; Selliah, Sugirthini; Zarré, Shahin & de Boer, Hugo (2017). DNA barcoding of tuberous Orchidoideae: a resource for identification of orchids used in Salep. Molecular Ecology Resources.  ISSN 1755-098X.  17(2), s 342- 352 . doi: 10.1111/1755-0998.12615 Fulltekst i vitenarkiv.
  • Ghorbani, Abdolbaset; Saeedi, Yousef & de Boer, Hugo (2017). Unidentifiable by morphology: DNA barcoding of plant material in local markets in Iran. PLoS ONE.  ISSN 1932-6203.  12(4) . doi: 10.1371/journal.pone.0175722 Fulltekst i vitenarkiv.
  • Ghorbani, Abdolbaset; Saeedi, Yousef & de Boer, Hugo (2017). Unidentifiable by morphology: DNA barcoding of plant material in local markets in Iran. PLoS ONE.  ISSN 1932-6203. . doi: 10.1371/journal.pone.0175722
  • Hinsley, Amy; de Boer, Hugo; Fay, Michael F; Gale, Stephan W; Gardiner, Lauren M; Gunasekara, Rajasinghe S; Kumar, Pankaj; Masters, Susanne; Metusala, Destario; Roberts, David S; Veldman, Sarina; Wong, Shan & Phelps, Jacob (2017). A review of the trade in orchids and its implications for conservation. Botanical journal of the Linnean Society.  ISSN 0024-4074. . doi: 10.1093/botlinnean/box083/4736317 Fulltekst i vitenarkiv.
  • Ichim, Mihael Cristi; Crisan, Gianina; Tebrencu, Carmen & de Boer, Hugo (2017). PhytoAuthent: Molecular authentication of complex herbal food supplements for safety and efficacy. RIO Research Ideas and Outcomes.  ISSN 2367-7163. . doi: 10.3897/rio.3.e21710 Fulltekst i vitenarkiv.
  • Raclariu, Ancuta Cristina; Heinrich, Michael; Ichim, Mihael Cristi & de Boer, Hugo (2017). Benefits and limitations of DNA barcoding and metabarcoding in herbal product authentication. Phytochemical Analysis.  ISSN 0958-0344. . doi: 10.1002/pca.2732 Fulltekst i vitenarkiv.
  • Raclariu, Ancuta Cristina; Mocan, Andrei; Popa, Madalina Oana; Vlase, Laurian; Ichim, Mihael Cristi; Crisan, Gianina; Brysting, Anne Krag & de Boer, Hugo (2017). Veronica officinalis product authentication using DNA metabarcoding and HPLC-MS reveals widespread adulteration with Veronica chamaedrys. Frontiers in Pharmacology.  ISSN 1663-9812.  8, s 1- 13 . doi: 10.3389/fphar.2017.00378 Fulltekst i vitenarkiv.
  • Raclariu, Ancuta Cristina; Paltinean, Ramona; Vlase, Laurian; Labarre, Aurélie; Manzanilla, Vincent; Ichim, Mihael Cristin; Crisan, Gianina; Brysting, Anne Krag & de Boer, Hugo (2017). Comparative authentication of Hypericum perforatum herbal products using DNA metabarcoding, TLC and HPLC-MS. Scientific Reports.  ISSN 2045-2322.  7(1) . doi: 10.1038/s41598-017-01389-w Fulltekst i vitenarkiv.
  • Schwallier, Rachel; Gravendeel, Barbara; de Boer, Hugo; Nylinder, Stephan; van Heuven, Bertie Joan; Sieder, Anton; Sumail, Sukaibin; van Vugt, Rogier & Lens, Frederic (2017). Evolution of wood anatomical characters in Nepenthes and close relatives of Caryophyllales. Annals of Botany.  ISSN 0305-7364.  119(7), s 1179- 1193 . doi: 10.1093/aob/mcx010 Fulltekst i vitenarkiv.
  • Sher, Hassan; Barkworth, Mary E. & de Boer, Hugo (2017). Medicinal and aromatic plant cultivation in the Swat valley, north-western Pakistan, for economic development and biodiversity conservation. Genetic Resources and Crop Evolution.  ISSN 0925-9864.  64(2), s 237- 245 . doi: 10.1007/s10722-015-0346-z Fulltekst i vitenarkiv.
  • Veldman, Sarina; Gravendeel, Barbara; Otieno, Joseph; Lammers, Youri; Duijm, Elza; Nieman, Aline; Bytebier, Benny; Ngugi, Grace; Martos, Florent; van Andel, Tinde R. & de Boer, Hugo (2017). High-throughput sequencing of African chikanda cake highlights conservation challenges in orchids. Biodiversity and Conservation.  ISSN 0960-3115.  26(9), s 2029- 2046 . doi: 10.1007/s10531-017-1343-7 Fulltekst i vitenarkiv.
  • Weckerle, Caroline; de Boer, Hugo; Puri, Rajindra K.; van Andel, TR; Bussmann, Rainer & Leonti, Marco (2017). Recommended standards for conducting and reporting ethnopharmacological field studies. Journal of Ethnopharmacology.  ISSN 0378-8741. . doi: /10.1016/j.jep.2017.08.018 Fulltekst i vitenarkiv.
  • Kreziou, Anna; de Boer, Hugo & Gravendeel, Barbara (2016). Harvesting of salep orchids in north-western Greece continues to threaten natural populations. Oryx.  ISSN 0030-6053.  50(3), s 393- 396 . doi: 10.1017/S0030605315000265
  • Osathanunkul, Maslin; Suwannapoom, Chatmongkon; Osathanunkul, Kitisak; Madesis, Panagiotis & de Boer, Hugo (2016). Evaluation of DNA barcoding coupled high resolution melting for discrimination of closely related species in phytopharmaceuticals. Phytomedicine.  ISSN 0944-7113.  23(2), s 156- 165 . doi: 10.1016/j.phymed.2015.11.018
  • Sher, Hassan; Bussmann, Rainer; Hart, Robbie & de Boer, Hugo (2016). Traditional use of medicinal plants among Kalasha, Ismaeli and Sunni groups in Chitral District, Khyber Pakhtunkhwa province, Pakistan. Journal of Ethnopharmacology.  ISSN 0378-8741.  188, s 57- 69 . doi: 10.1016/j.jep.2016.04.059
  • de Boer, Hugo; Cross, Hugh; de Wilde, Willem J.J.O.; Duyfjes, Brigitta E.E. & Gravendeel, Barbara (2015). Molecular phylogenetic analyses of Cucurbitaceae tribe Benincaseae urge for merging of Pilogyne with Zehneria. Phytotaxa.  ISSN 1179-3155.  236(2), s 173- 183 . doi: 10.11646/phytotaxa.236.2.6 Vis sammendrag
  • de Boer, Hugo; Ichim, Mihael Cristi & Newmaster, Steven (2015). DNA barcoding and pharmacovigilance of herbal medicines. Drug Safety.  ISSN 0114-5916.  38(7), s 611- 620 . doi: 10.1007/s40264-015-0306-8
  • de Boer, Hugo; Steffen, Karin & Cooper, Wendy (2015). Sunda to Sahul dispersals in Trichosanthes (Cucurbitaceae): a dated phylogeny reveals five independent dispersal events to Australasia. Journal of Biogeography.  ISSN 0305-0270.  42(3), s 519- 531 . doi: 10.1111/jbi.12432
  • Merckx, Vincent S.F.T.; Hendriks, Kasper P.; Beentjes, Kevin K.; Mennes, Constantijn B.; Becking, Leontine E.; Peijnenburg, Katja T.C.A.; Afendy, Aqilah; Arumugam, Nivaarani; de Boer, Hugo; Biun, Alim; Buang, Matsain M.; Chen, Ping-Ping; Chung, Arthur Y.C.; Dow, Rory; Feijen, Frida A.A.; Feijen, Hans; Feijen-Van Soest, Cobi; Geml, József; Geurts, Rene; Gravendeel, Barbara; Hovenkamp, Peter; Imbun, Paul; Ipor, Isa; Janssens, Steven B.; Jocqué, Merlijn; Kappes, Heike; Khoo, Eyen; Koomen, Peter; Lens, Frederic; Majapun, Richard J.; Morgado, Luis N.; Neupane, Suman; Nieser, Nico; Pereira, Joan T.; Rahman, Homathevi; Sabran, Suzana; Sawang, Anati; Schwallier, Rachel M.; Shim, Phyau-Soon; Smit, Harry; Sol, Nicolien; Spait, Maipul; Stech, Michael; Stokvis, Frank; Sugau, John B.; Suleiman, Monica; Sumail, Sukaibin; Thomas, Daniel C.; Van Tol, Jan; Tuh, Fred Y.Y.; Yahya, Bakhtiar E.; Nais, Jamili; Repin, Rimi; Lakim, Maklarin & Schilthuizen, Menno (2015). Evolution of endemism on a young tropical mountain. Nature.  ISSN 0028-0836.  524(7565), s 347- 350 . doi: 10.1038/nature14949
  • Osathanunkul, Maslin; Madesis, Panagiotis & de Boer, Hugo (2015). Bar-HRM for Authentication of Plant-Based Medicines: Evaluation of Three Medicinal Products Derived from Acanthaceae Species. PLoS ONE.  ISSN 1932-6203. . doi: 10.1371/journal.pone.0128476
  • Osathanunkul, Maslin; Suwannapoom, Chatmongkon; Ounjai, Sarawut; Rora, Jantarika A; Madesis, Panagiotis & de Boer, Hugo (2015). Refining DNA Barcoding Coupled High Resolution Melting for Discrimination of 12 Closely Related Croton Species. PLoS ONE.  ISSN 1932-6203.  10(9) . doi: 10.1371/journal.pone.0138888
  • Otieno, Joseph; Abihudi, Siri; Veldman, Sarina; Nahashon, Michael; van Andel, Tinde & de Boer, Hugo (2015). Vernacular dominance in folk taxonomy: a case study of ethnospecies in medicinal plant trade in Tanzania. Journal of Ethnobiology and Ethnomedicine.  ISSN 1746-4269.  11 . doi: 10.1186/1746-4269-11-10
  • Schwallier, Rachel; de Boer, Hugo; Visser, Natasja; van Vugt, Rogier R & Gravendeel, Barbara (2015). Traps as treats: a traditional sticky rice snack persisting in rapidly changing Asian kitchens. Journal of Ethnobiology and Ethnomedicine.  ISSN 1746-4269.  11(23) . doi: 10.1186/s13002-015-0010-x
  • Schwallier, Rachel; Raes, Niels; de Boer, Hugo; Vos, Rutger A.; van Vugt, Rogier R & Gravendeel, Barbara (2015). Phylogenetic analysis of niche divergence reveals distinct evolutionary histories and climate change implications for tropical carnivorous pitcher plants. Diversity and Distributions: A journal of biological invasions and biodiversity.  ISSN 1366-9516. . doi: 10.1111/ddi.12382
  • Sher, Hassan; Aldosari, Ali; Ali, Ahmad & de Boer, Hugo (2015). Indigenous knowledge of folk medicines among tribal minorities in Khyber Pakhtunkhwa, northwestern Pakistan. Journal of Ethnopharmacology.  ISSN 0378-8741.  166, s 157- 167 . doi: 10.1016/j.jep.2015.03.022
  • de Boer, Hugo & Cotingting, Crystle (2014). Medicinal plants for women's healthcare in southeast Asia: A meta-analysis of their traditional use, chemical constituents, and pharmacology. Journal of Ethnopharmacology.  ISSN 0378-8741.  151(2), s 747- 767 . doi: 10.1016/j.jep.2013.11.030
  • de Boer, Hugo; Ourghidi, Abderrahim; Martin, Gary; Abbad, Abdelaziz & Kool, Anneleen (2014). DNA Barcoding Reveals Limited Accuracy of Identifications Based on Folk Taxonomy. PLoS ONE.  ISSN 1932-6203.  9(1) . doi: 10.1371/journal.pone.0084291
  • Ghorbani, Abdolbaset; Gravendeel, Barbara; Zarre, Shanin & de Boer, Hugo (2014). Illegal wild collection and international trade of CITES-listed terrestrial orchid tubers in Iran. Traffic Bulletin.  ISSN 0267-4297.  26(2), s 52- 58
  • Ghorbani, Abdolbaset; Naghibi, Farzaneh; Gravendeel, Barbara & de Boer, Hugo (2014). Wild orchid tuber collection in Iran: A wake-up call for conservation. Biodiversity and Conservation.  ISSN 0960-3115.  23(11), s 2749- 2760 . doi: 10.1007/s10531-014-0746-y
  • Käfer, Jos; de Boer, Hugo; Mousset, Sylvain; Kool, Anneleen; Dufay, Mathilde & Gabriel, Marais (2014). Dioecy is associated with higher diversification rates in flowering plants. Journal of Evolutionary Biology.  ISSN 1010-061X.  27(7), s 1478- 1490 . doi: 10.1111/jeb.12385
  • Sher, Hassan; Aldosari, Ali; Ali, Ahmad & de Boer, Hugo (2014). Economic benefits of high value medicinal plants to Pakistani communities: An analysis of current practice and potential. Journal of Ethnobiology and Ethnomedicine.  ISSN 1746-4269.  10(1) . doi: 10.1186/1746-4269-10-71
  • Towns, Alexandra; Quiroz, Diana; Guinee, Lieke; de Boer, Hugo & van Andel, Tinde (2014). Volume, value and floristic diversity of Gabon's medicinal plant markets. Journal of Ethnopharmacology.  ISSN 0378-8741.  155(2), s 1184- 1193 . doi: 10.1016/j.jep.2014.06.052
  • van Andel, Tinde; de Boer, Hugo; Vandebroek, Ina & Barnes, Joanne (2014). Medicinal plants used for menstrual disorders in Latin America, the Caribbean, sub-Saharan Africa, South and Southeast Asia and their uterine properties: a review. Journal of Ethnopharmacology.  ISSN 0378-8741.  155(2), s 992- 1000 . doi: 10.1016/j.jep.2014.06.049
  • Veldman, Sarina; Otieno, Joseph; Gravendeel, Barbara; van Andel, Tinde & de Boer, Hugo (2014). Conservation of Endangered Wild Harvested Medicinal Plants: Use of DNA Barcoding, In Ameenah Gurib-Fakim (ed.),  Novel Plant Bioresources: Applications in Food, Medicine and Cosmetics.  Wiley-Blackwell.  ISBN 9781118460610.  6.  s 81 - 88
  • Veldman, Sarina; Otieno, Joseph; van Andel, Tinde; Gravendeel, Barbara & de Boer, Hugo (2014). Efforts urged to tackle thriving illegal orchid trade in Tanzania and Zambia for chikanda production. Traffic Bulletin.  ISSN 0267-4297.  26(2), s 47- 50
  • Kunwar, Bimal; Subedi, Abishkar; Choi, Young; Dai, Yuntao; van Andel, Tinde; Chaudhary, Ram P; de Boer, Hugo & Gravendeel, Barbara (2013). Collection and trade of wild-harvested orchids in Nepal. Journal of Ethnobiology and Ethnomedicine.  ISSN 1746-4269.

Se alle arbeider i Cristin

Se alle arbeider i Cristin

Publisert 6. jan. 2014 16:41 - Sist endret 12. nov. 2017 19:50