Hugo de Boer

Professor, Forskningsgruppeleder
Bilde av Hugo de Boer
Mobiltelefon 98126030
Rom 114
Besøksadresse Lids hus (Botanisk museum)

Forskning

Plantebestemmelse ved hjelp av molekylær barcoding (DNA-strekkoding) har et stort potensiale for bevaring av biodiversitet og overvåkning av handel i plantegenetiske ressurser for farmasøytisk industri, hagebruk og tropisk trehandel. Metoden har blitt omfavnet i vitenskapen, spesielt for artsbestemmelse av dyr og sopp. I de senere årene har forskere lyktes i å vise kraften og nøyaktigheten til DNA-barcoding ved å lage molekylære identifikasjonssystemer til ulike formål, for eksempel identifisering av kryptiske arter, avsløring av artsforfalskning i sjømat, sporing av ulovlig elfenbenhandel og utredning av tropisk skogsmangfold.


Plante-barcoding har ligget etter i fravær av en enkel egnet identifikasjonsmarkør, og på grunn av kvalitetsavveininger rundt de andre foreslåtte markørene. Videre krever nøyaktig artsbestemmelse en klar definisjon av intraspesifikk variasjon (genetisk variasjon innen arten) versus interspesifikk variasjon (genetisk variasjon mellom arter), noe som også er kjent som barcoding-kløfta. Tilstedeværelsen eller fraværet av en barcoding-kløft har vært omstridt, men til syvende og sist må en praktisk tilnærming vedtas for å muliggjøre utstrakt bruk av plante-barcoding. Tidligere forskning har fokusert på bruk av to eller flere molekylære markører for DNA-barcoding, men bruk av dypsekvensering tillater en genomisk tilnærming ved å bruke hele kloroplastgenomer. I tillegg muliggjør metoder for å sile ut genomiske regioner av interesse («target-enrichment») amplifisering av genetiske data fra nedbrutt materiale, som for eksempel herbariumsamlinger, bearbeidete produkter og rettsmedisinske spor. Dette reduserer også behovet for å stole på korte molekylære markører.

Forskningen i min gruppe fokuserer på: 

  • Molekylær identifikasjon av bearbeidete planteprodukter, spesielt medisinplanter som ofte er utsatt for forfalskning, overhøsting og utrydning samt overvåkning av grenseoverskridende handel av CITES-listede arter (Convention on International Trade of Endangered Species). 
  • Å kombinere data fra kloroplastgenomer og de novo sekvenserte kloroplastgenomer for å kunne gjøre en mer nøyaktig analyse av intra- og interspesifikk genetisk variasjon, med automatisk artsbestemmelse som det ultimate målet. 
  • Utvikling av spesifikke metoder for å sile ut DNA-regioner av interesse («Target enrichment»-metoder) for effektiv generering av genetiske data fra nedbrutt materiale, slik som for eksempel herbariumsamlinger, og bearbeidete produkter.  

Disse teknologiske og metodiske framskrittene kan hjelpe oss å frigjøre det store potensialet i nøyaktig plantebestemmelse ved hjelp av molekylære verktøy. Metoden kan brukes til å støtte det offentliges oppgaver, slik som bevaring av biodiversitet, overvåkning av handel i plantegenetiske ressurser for farmasøytisk industri, hagebruk og tropisk treindustri, samt håndheving av Nagoya-protokollen til konvensjonen om biologisk mangfold.

Emneord: Biologi, Botanikk, Molekylær identifikasjon, Plant DNA barcoding, ION-Torrent PGM, Botanikk systematikk, Orchidaceae, Cucurbitaceae, Ethnobotany, Medisinske planter
Publisert 6. jan. 2014 16:41 - Sist endret 22. nov. 2019 22:32