Hugo de Boer

Bilde av Hugo de Boer
English version of this page
Telefon +47-22851875
Mobiltelefon 98126030 98 12 60 30
Rom 112b
Brukernavn
Besøksadresse Lids hus (Botanisk museum)
Postadresse Postboks 1172, Blindern 0318 OSLO

Forskning

Plantebestemmelse ved hjelp av molekylær barcoding (DNA-strekkoding) har et stort potensiale for bevaring av biodiversitet og overvåkning av handel i plantegenetiske ressurser for farmasøytisk industri, hagebruk og tropisk trehandel. Metoden har blitt omfavnet i vitenskapen, spesielt for artsbestemmelse av dyr og sopp. I de senere årene har forskere lyktes i å vise kraften og nøyaktigheten til DNA-barcoding ved å lage molekylære identifikasjonssystemer til ulike formål, for eksempel identifisering av kryptiske arter, avsløring av artsforfalskning i sjømat, sporing av ulovlig elfenbenhandel og utredning av tropisk skogsmangfold.


Plante-barcoding har ligget etter i fravær av en enkel egnet identifikasjonsmarkør, og på grunn av kvalitetsavveininger rundt de andre foreslåtte markørene. Videre krever nøyaktig artsbestemmelse en klar definisjon av intraspesifikk variasjon (genetisk variasjon innen arten) versus interspesifikk variasjon (genetisk variasjon mellom arter), noe som også er kjent som barcoding-kløfta. Tilstedeværelsen eller fraværet av en barcoding-kløft har vært omstridt, men til syvende og sist må en praktisk tilnærming vedtas for å muliggjøre utstrakt bruk av plante-barcoding. Tidligere forskning har fokusert på bruk av to eller flere molekylære markører for DNA-barcoding, men bruk av dypsekvensering tillater en genomisk tilnærming ved å bruke hele kloroplastgenomer. I tillegg muliggjør metoder for å sile ut genomiske regioner av interesse («target-enrichment») amplifisering av genetiske data fra nedbrutt materiale, som for eksempel herbariumsamlinger, bearbeidete produkter og rettsmedisinske spor. Dette reduserer også behovet for å stole på korte molekylære markører.

Forskningen i min gruppe fokuserer på: 

  • Molekylær identifikasjon av bearbeidete planteprodukter, spesielt medisinplanter som ofte er utsatt for forfalskning, overhøsting og utrydning samt overvåkning av grenseoverskridende handel av CITES-listede arter (Convention on International Trade of Endangered Species). 
  • Å kombinere data fra kloroplastgenomer og de novo sekvenserte kloroplastgenomer for å kunne gjøre en mer nøyaktig analyse av intra- og interspesifikk genetisk variasjon, med automatisk artsbestemmelse som det ultimate målet. 
  • Utvikling av spesifikke metoder for å sile ut DNA-regioner av interesse («Target enrichment»-metoder) for effektiv generering av genetiske data fra nedbrutt materiale, slik som for eksempel herbariumsamlinger, og bearbeidete produkter.  

Disse teknologiske og metodiske framskrittene kan hjelpe oss å frigjøre det store potensialet i nøyaktig plantebestemmelse ved hjelp av molekylære verktøy. Metoden kan brukes til å støtte det offentliges oppgaver, slik som bevaring av biodiversitet, overvåkning av handel i plantegenetiske ressurser for farmasøytisk industri, hagebruk og tropisk treindustri, samt håndheving av Nagoya-protokollen til konvensjonen om biologisk mangfold.

Emneord: Biologi, Botanikk, Molekylær identifikasjon, Plant DNA barcoding, ION-Torrent PGM, Botanikk systematikk, Orchidaceae, Cucurbitaceae, Ethnobotany, Medisinske planter

Publikasjoner

  • Dirks-Mulder, Anita; Butot, Roland; van Schaik, Peter; Wijnands, Jan Willem PM; van den Berg, Roel; Krol, Louie; Doebar, Sadhana; van Kooperen, Kelly; de Boer, Hugo; Kramer, Elena; Smets, Erik F; Vos, Rutger A.; Vrijdaghs, Alexander & Gravendeel, Barbara (2017). Exploring the evolutionary origin of floral organs of Erycina pusilla, an emerging orchid model system. BMC Evolutionary Biology.  ISSN 1471-2148. . doi: 10.1186/s12862-017-0938-7
  • Ghorbani, Abdolbaset; Gravendeel, Barbara; Selliah, Sugirthini; Zarré, Shahin & de Boer, Hugo (2017). DNA barcoding of tuberous Orchidoideae: a resource for identification of orchids used in Salep. Molecular Ecology Resources.  ISSN 1755-098X.  17(2), s 342- 352 . doi: 10.1111/1755-0998.12615
  • Ghorbani, Abdolbaset; Saeedi, Yousef & de Boer, Hugo (2017). Unidentifiable by morphology: DNA barcoding of plant material in local markets in Iran. PLoS ONE.  ISSN 1932-6203. . doi: 10.1371/journal.pone.0175722
  • Raclariu, Ancuta Cristina; Mocan, Andrei; Popa, Madalina Oana; Vlase, Laurian; Ichim, Mihael Cristi; Crisan, Gianina; Brysting, Anne Krag & de Boer, Hugo (2017). Veronica officinalis product authentication using DNA metabarcoding and HPLC-MS reveals widespread adulteration with Veronica chamaedrys. Frontiers in Pharmacology.  ISSN 1663-9812. . doi: 10.3389/fphar.2017.00378
  • Raclariu, Ancuta Cristina; Paltinean, Ramona; Vlase, Laurian; Labarre, Aurélie; Manzanilla, Vincent; Ichim, Mihael Cristi; Crisan, Gianina; Brysting, Anne Krag & de Boer, Hugo (2017). Comparative authentication of Hypericum perforatum herbal products using DNA metabarcoding, TLC and HPLC-MS. Scientific Reports.  ISSN 2045-2322. . doi: 10.1038/s41598-017-01389-w
  • Schwallier, Rachel M.; Gravendeel, Barbara; de Boer, Hugo; Nylinder, Stephan; van Heuven, Bertie Joan; Sieder, Anton; Sumail, Sukaibin; van Vugt, Rogier R & Lens, Frederic (2017). Evolution of wood anatomical characters in Nepenthes and close relatives of Caryophyllales. Annals of Botany.  ISSN 0305-7364. . doi: 10.1093/aob/mcx010
  • Sher, Hassan; Barkworth, Mary E. & de Boer, Hugo (2017). Medicinal and aromatic plant cultivation in the Swat valley, north-western Pakistan, for economic development and biodiversity conservation. Genetic Resources and Crop Evolution.  ISSN 0925-9864.  64(2), s 237- 245 . doi: 10.1007/s10722-015-0346-z
  • Veldman, Sarina; Gravendeel, Barbara; Otieno, Joseph; Lammers, Youri; Duijm, Elza; Nieman, Aline; Bytebier, Benny; Ngugi, Grace; Martos, Florent; van Andel, TR & de Boer, Hugo (2017). High-throughput sequencing of African chikanda cake highlights conservation challenges in orchids. Biodiversity and Conservation.  ISSN 0960-3115. . doi: 10.1007/s10531-017-1343-7
  • Weckerle, Caroline; de Boer, Hugo; Puri, Rajindra K.; van Andel, TR; Bussmann, Rainer & Leonti, Marco (2017). Recommended standards for conducting and reporting ethnopharmacological field studies. Journal of Ethnopharmacology.  ISSN 0378-8741. . doi: https://doi.org/10.1016/j.jep.2017.08.018
  • Kreziou, Anna; de Boer, Hugo & Gravendeel, Barbara (2016). Harvesting of salep orchids in north-western Greece continues to threaten natural populations. Oryx.  ISSN 0030-6053.  50(3), s 393- 396 . doi: 10.1017/S0030605315000265
  • Osathanunkul, Maslin; Suwannapoom, Chatmongkon; Osathanunkul, Kitisak; Madesis, Panagiotis & de Boer, Hugo (2016). Evaluation of DNA barcoding coupled high resolution melting for discrimination of closely related species in phytopharmaceuticals. Phytomedicine.  ISSN 0944-7113.  23(2), s 156- 165 . doi: 10.1016/j.phymed.2015.11.018
  • Sher, Hassan; Bussmann, Rainer; Hart, Robbie & de Boer, Hugo (2016). Traditional use of medicinal plants among Kalasha, Ismaeli and Sunni groups in Chitral District, Khyber Pakhtunkhwa province, Pakistan. Journal of Ethnopharmacology.  ISSN 0378-8741.  188, s 57- 69 . doi: 10.1016/j.jep.2016.04.059
  • de Boer, Hugo; Cross, Hugh; de Wilde, Willem J.J.O.; Duyfjes, Brigitta E.E. & Gravendeel, Barbara (2015). Molecular phylogenetic analyses of Cucurbitaceae tribe Benincaseae urge for merging of Pilogyne with Zehneria. Phytotaxa.  ISSN 1179-3155.  236(2), s 173- 183 . doi: 10.11646/phytotaxa.236.2.6
  • de Boer, Hugo; Ichim, Mihael Cristi & Newmaster, Steven (2015). DNA barcoding and pharmacovigilance of herbal medicines. Drug Safety.  ISSN 0114-5916.  38(7), s 611- 620 . doi: 10.1007/s40264-015-0306-8
  • de Boer, Hugo; Steffen, Karin & Cooper, Wendy (2015). Sunda to Sahul dispersals in Trichosanthes (Cucurbitaceae): a dated phylogeny reveals five independent dispersal events to Australasia. Journal of Biogeography.  ISSN 0305-0270.  42(3), s 519- 531 . doi: 10.1111/jbi.12432
  • Merckx, Vincent S.F.T.; Hendriks, Kasper P.; Beentjes, Kevin K.; Mennes, Constantijn B.; Becking, Leontine E.; Peijnenburg, Katja T.C.A.; Afendy, Aqilah; Arumugam, Nivaarani; de Boer, Hugo; Biun, Alim; Buang, Matsain M.; Chen, Ping-Ping; Chung, Arthur Y.C.; Dow, Rory; Feijen, Frida A.A.; Feijen, Hans; Feijen-Van Soest, Cobi; Geml, József; Geurts, Rene; Gravendeel, Barbara; Hovenkamp, Peter; Imbun, Paul; Ipor, Isa; Janssens, Steven B.; Jocqué, Merlijn; Kappes, Heike; Khoo, Eyen; Koomen, Peter; Lens, Frederic; Majapun, Richard J.; Morgado, Luis N.; Neupane, Suman; Nieser, Nico; Pereira, Joan T.; Rahman, Homathevi; Sabran, Suzana; Sawang, Anati; Schwallier, Rachel M.; Shim, Phyau-Soon; Smit, Harry; Sol, Nicolien; Spait, Maipul; Stech, Michael; Stokvis, Frank; Sugau, John B.; Suleiman, Monica; Sumail, Sukaibin; Thomas, Daniel C.; Van Tol, Jan; Tuh, Fred Y.Y.; Yahya, Bakhtiar E.; Nais, Jamili; Repin, Rimi; Lakim, Maklarin & Schilthuizen, Menno (2015). Evolution of endemism on a young tropical mountain. Nature.  ISSN 0028-0836.  524(7565), s 347- 350 . doi: 10.1038/nature14949
  • Osathanunkul, Maslin; Madesis, Panagiotis & de Boer, Hugo (2015). Bar-HRM for Authentication of Plant-Based Medicines: Evaluation of Three Medicinal Products Derived from Acanthaceae Species. PLoS ONE.  ISSN 1932-6203. . doi: 10.1371/journal.pone.0128476
  • Osathanunkul, Maslin; Suwannapoom, Chatmongkon; Ounjai, Sarawut; Rora, Jantarika A; Madesis, Panagiotis & de Boer, Hugo (2015). Refining DNA Barcoding Coupled High Resolution Melting for Discrimination of 12 Closely Related Croton Species. PLoS ONE.  ISSN 1932-6203.  10(9) . doi: 10.1371/journal.pone.0138888
  • Otieno, Joseph; Abihudi, Siri; Veldman, Sarina; Nahashon, Michael; van Andel, Tinde & de Boer, Hugo (2015). Vernacular dominance in folk taxonomy: a case study of ethnospecies in medicinal plant trade in Tanzania. Journal of Ethnobiology and Ethnomedicine.  ISSN 1746-4269.  11 . doi: 10.1186/1746-4269-11-10
  • Schwallier, Rachel; de Boer, Hugo; Visser, Natasja; van Vugt, Rogier R & Gravendeel, Barbara (2015). Traps as treats: a traditional sticky rice snack persisting in rapidly changing Asian kitchens. Journal of Ethnobiology and Ethnomedicine.  ISSN 1746-4269.  11(23) . doi: 10.1186/s13002-015-0010-x
  • Schwallier, Rachel; Raes, Niels; de Boer, Hugo; Vos, Rutger A.; van Vugt, Rogier R & Gravendeel, Barbara (2015). Phylogenetic analysis of niche divergence reveals distinct evolutionary histories and climate change implications for tropical carnivorous pitcher plants. Diversity & distributions: A journal of biological invasions and biodiversity.  ISSN 1366-9516. . doi: 10.1111/ddi.12382
  • Sher, Hassan; Aldosari, Ali; Ali, Ahmad & de Boer, Hugo (2015). Indigenous knowledge of folk medicines among tribal minorities in Khyber Pakhtunkhwa, northwestern Pakistan. Journal of Ethnopharmacology.  ISSN 0378-8741.  166, s 157- 167 . doi: 10.1016/j.jep.2015.03.022
  • de Boer, Hugo & Cotingting, Crystle (2014). Medicinal plants for women's healthcare in southeast Asia: A meta-analysis of their traditional use, chemical constituents, and pharmacology. Journal of Ethnopharmacology.  ISSN 0378-8741.  151(2), s 747- 767 . doi: 10.1016/j.jep.2013.11.030
  • de Boer, Hugo; Ourghidi, Abderrahim; Martin, Gary; Abbad, Abdelaziz & Kool, Anneleen (2014). DNA Barcoding Reveals Limited Accuracy of Identifications Based on Folk Taxonomy. PLoS ONE.  ISSN 1932-6203.  9(1) . doi: 10.1371/journal.pone.0084291
  • Ghorbani, Abdolbaset; Gravendeel, Barbara; Zarre, Shanin & de Boer, Hugo (2014). Illegal wild collection and international trade of CITES-listed terrestrial orchid tubers in Iran. Traffic Bulletin.  ISSN 0267-4297.  26(2), s 52- 58
  • Ghorbani, Abdolbaset; Naghibi, Farzaneh; Gravendeel, Barbara & de Boer, Hugo (2014). Wild orchid tuber collection in Iran: A wake-up call for conservation. Biodiversity and Conservation.  ISSN 0960-3115.  23(11), s 2749- 2760 . doi: 10.1007/s10531-014-0746-y
  • Käfer, Jos; de Boer, Hugo; Mousset, Sylvain; Kool, Anneleen; Dufay, Mathilde & Gabriel, Marais (2014). Dioecy is associated with higher diversification rates in flowering plants. Journal of Evolutionary Biology.  ISSN 1010-061X.  27(7), s 1478- 1490 . doi: 10.1111/jeb.12385
  • Sher, Hassan; Aldosari, Ali; Ali, Ahmad & de Boer, Hugo (2014). Economic benefits of high value medicinal plants to Pakistani communities: An analysis of current practice and potential. Journal of Ethnobiology and Ethnomedicine.  ISSN 1746-4269.  10(1) . doi: 10.1186/1746-4269-10-71
  • Towns, Alexandra; Quiroz, Diana; Guinee, Lieke; de Boer, Hugo & van Andel, Tinde (2014). Volume, value and floristic diversity of Gabon's medicinal plant markets. Journal of Ethnopharmacology.  ISSN 0378-8741.  155(2), s 1184- 1193 . doi: 10.1016/j.jep.2014.06.052
  • van Andel, Tinde; de Boer, Hugo; Vandebroek, Ina & Barnes, Joanne (2014). Medicinal plants used for menstrual disorders in Latin America, the Caribbean, sub-Saharan Africa, South and Southeast Asia and their uterine properties: a review. Journal of Ethnopharmacology.  ISSN 0378-8741.  155(2), s 992- 1000 . doi: 10.1016/j.jep.2014.06.049
  • Veldman, Sarina; Otieno, Joseph; Gravendeel, Barbara; van Andel, Tinde & de Boer, Hugo (2014). Conservation of Endangered Wild Harvested Medicinal Plants: Use of DNA Barcoding, In Ameenah Gurib-Fakim (ed.),  Novel Plant Bioresources: Applications in Food, Medicine and Cosmetics.  Wiley-Blackwell.  ISBN 9781118460610.  6.  s 81 - 88
  • Veldman, Sarina; Otieno, Joseph; van Andel, Tinde; Gravendeel, Barbara & de Boer, Hugo (2014). Efforts urged to tackle thriving illegal orchid trade in Tanzania and Zambia for chikanda production. Traffic Bulletin.  ISSN 0267-4297.  26(2), s 47- 50
  • Kunwar, Bimal; Subedi, Abishkar; Choi, Young; Dai, Yuntao; van Andel, Tinde; Chaudhary, Ram P; de Boer, Hugo & Gravendeel, Barbara (2013). Collection and trade of wild-harvested orchids in Nepal. Journal of Ethnobiology and Ethnomedicine.  ISSN 1746-4269.

Se alle arbeider i Cristin

Se alle arbeider i Cristin

Publisert 6. jan. 2014 16:41 - Sist endret 15. mars 2016 12:52