Fremtidens kartleggingsmetode

Forskere i hvite frakker som bruker store maskiner til å undersøke innholdet i små glass. Det er stereotypien på forskning, men langt fra min hverdag som forsker på kartlegging av natur. Kanskje er likevel mulighetene for samarbeid større enn jeg hadde trodd?

Naturhistorisk Museum, der jeg jobber, har sitt eget DNA-laboratorium. Der jobber forskere med å kartlegge DNA, altså arvemateriale. DNA-labben kan finne DNA i det meste, fra blomster som akkurat er plukket, til veldig gamle dyr i museets magasiner og funn fra vikinggraver. Hver art har en slags DNA-strekkode som bare finnes i akkurat den arten. Ved å finne kartlegge DNA i arter man allerede vet hva er, kan man finne strekkoden for den arten. Disse strekkodene legges i et slags bibliotek. Hvis noen senere finner noe de ikke vet hva er, kan de kartlegge DNA og finne strekkoden. Hvis koden ligger i biblioteket, så vet man hvilken art man har funnet.

Jarl Andreas Anmarkrud viser meg hvordan man sjekker om man har klart å ta ut DNA og ingenting annet fra en prøve. Legg merke til hvit frakk, briller og hansker. Foto: HAU

Denne metoden brukes allerede i mange spennende prosjekter. Ancuta Raclariu, en kollega av meg på museet, brukte DNA-strekkoder til å vise at urtete og andre produkter slettes ikke inneholdt bare det som sto på innholdslista. Metoden brukes også til å finne ut hva slags frø man finner i vikinggraver, og det gir en slags fasit på om moser som ser nesten helt like ut faktisk er samme art.

Det var på fotballtrening på museet, en god tverrfaglig møteplass, at jeg først fikk spørsmålet: «Kan man bruke DNA-strekkoder til å gjenkjenne naturtyper?». Den som stilte spørsmålet var naturlig nok Jarl Andreas Anmarkrud, en av forskerne i hvite frakker fra DNA-labben. Jeg ble svar skyldig, og har egentlig ikke sett potensialet i dette før forrige uke. Da holdt nemlig Jarl Andreas foredrag på museet om potensialet for å finne strekkoden til naturtyper. Med strekkoder kan det i fremtiden bli mulig å ta jordprøver, analysere DNA i dem og basert på resultatet si hvilken naturtype jordprøven ble tatt i! Vi som jobber med NiN på museet var godt representert på foredraget, og det kom ganske fort fram dette helt klart var verdt å prøve. Lenger sør i Europa er det gjort en del forskning på koblingen mellom vegetasjonstyper og DNA-strekkoder, så vi trenger ikke starte med helt blanke ark heller.

Ideene til mulige pilotprosjekt var mange allerede på første møte og kanskje blir de første innsamlingene av prøver gjort i sommer. Deretter kan prøvene analyseres, og de første naturtype DNA-strekkodene kanskje finnes. Mest sannsynlig møter man utfordringer på veien. Er for eksempel kunnskapen vår om hvilke arter som finnes i de ulike naturtypene god nok til at vi klarer å skille de ulike naturtypene fra hverandre? Stemmer egentlig naturtypeinndelingen vi har når man begynner å se på DNA i jorda? Hvor like eller ulike er DNA i jordprøver fra ulike områder i den samme skogen? Vi vet at sopp er viktig for å gjenkjenne ulike skogtyper, men ettersom de bare synes om høsten er de vanskelige både å få ordentlig oversikt over. Sopp-DNA er derimot i jorda hele tiden, så DNA-labben kan alltid finne ut om det er sopp i skogen, og hva slags type sopp det er.

Veien fra idé til å endre kartleggingsmetodikk er lang, og det blir nok en stund til DNA-labben tar over jobben til naturkartleggerne. Likevel, jeg tror dette blir en av fremtidens kartleggingsmetoder. Det blir spennende å følge utviklingen framover!

Denne maskinen leser DNAet og gjør det om til kjempestore data som kan brukes til å finne DNA-strekkodene til det du har analysert. Foto: HAU

Referanser

Raclariu et al 2017 Comparitive authentication of Hypericum perforatum herbal products using DNA metabarcoding, TLC and HPLC-MS. Scientific Reports 7(1):1291

Publisert 15. jan. 2018 15:00 - Sist endret 15. jan. 2018 15:00